%% This m-file is to display the 2D raw data and save to  *.mat 
% The 1st step to analyze florescence data
% The next step is Flores_2D_display4pub.m for publication


close all
clear all
clc

DataFile={
%     'sph01.dat'; % bar 2 SPM/KCl/FeCl3 pH 3.0
%     'sph02.dat';
%     'sph02.dat';
%     'sph02.dat'; % bar 2 KCl 100 mM, FeCl3 5 mM
%       'sph01.dat'; % bar 3 SPM/KCl/FeCl3 pH 7.1
%       'sph01.dat'; % bar ? SPM/KCl/FeCl3 pH 4
%       'sph02.dat'; % bar 3 SPM/KCl/FeCl3 pH 2
%       'sph02.dat'; % bar 3 SPM/KCl/FeCl3 pH 5
%       'sph02.dat'; % bar 3 SPM/KCl/FeCl3 pH 3
%         'sph01.dat'; % bar 2 SPM/KCl pH 3.0
%         'sph01.dat'; % bar 2 SPM/KCl pH ~6
%         'sph01.dat'; % bar 2 SPM/KCl/FeCl3 pH 3
%         'sph02.dat'; %  bar 2 SPM/KCl/FeCl3 pH 5
%         'sph01.dat'; % bar 2 SPM/KCl/FeCl3 pH 7.1
        'sph02.dat'; % bar 2 SPM/KCl/FeCl3 pH 4
    }


MCAfile={ 
    % 2D data (energy,qz, intensity)
%     'sph01.dat.scan185.mca'; %  bar 2 SPM/KCl/FeCl3 pH 3.0
%     'sph02.dat.scan224.mca'; %  bar 3
%     'sph02.dat.scan406.mca'; %  bar 3
%     'sph02.dat.scan442.mca'; %  bar 2  KCl 100 mM, FeCl3 5 mM
%       'sph01.dat.scan259.mca'; %  bar 3  SPM/KCl/FeCl3 pH 7.1
%       'sph01.dat.scan329.mca'; %  bar ?  SPM/KCl/FeCl3 pH 4
%       'sph02.dat.scan36.mca';  %  bar 3  SPM/KCl/FeCl3 pH 2
%       'sph02.dat.scan101.mca'; %  bar 3  SPM/KCl/FeCl3 pH 5
%       'sph02.dat.scan224.mca'; %  bar 3  SPM/KCl/FeCl3 pH 3
%         'sph01.dat.scan119.mca'; %  bar 2  SPM/KCl pH 3
%         'sph01.dat.scan74.mca';  %  bar 2  SPM/KCl pH ~6
%     'sph01.dat.scan185.mca';  %  bar 2  SPM/KCl/FeCl3 pH 3
%     'sph02.dat.scan144.mca';  %  bar 2 SPM/KCl/FeCl3 pH 5
%     'sph01.dat.scan301.mca';  %  bar 2  SPM/KCl/FeCl3 pH 7.1
    'sph02.dat.scan14.mca';   %  bar 2  SPM/KCl/FeCl3 pH 4
    }

MONScanNum={
%     185;    % bar 2 SPM/KCl/FeCl3 pH 3.0
%     224;    % bar 3
%     406;    % bar 3
%     442;    % bar 2 bar 2 KCl 100 mM, FeCl3 5 mM
%       259;    % bar 3  SPM/KCl/FeCl3 pH 7.1
%       329;    % bar ?  SPM/KCl/FeCl3 pH 4
%       36;     % bar 3  SPM/KCl/FeCl3 pH 2
%       101;    % bar 3  SPM/KCl/FeCl3 pH 5
%       224;    % bar 3  SPM/KCl/FeCl3 pH 3
%         119;   %  bar 2  SPM/KCl pH 3
%         74;    %  bar 2  SPM/KCl pH ~6
%         185;    %  bar 2  SPM/KCl/FeCl3 pH 3
%         144;    %  bar 2 SPM/KCl/FeCl3 pH 5
%         301;    %  bar 2  SPM/KCl/FeCl3 pH 7.1
        14;     %  bar 2  SPM/KCl/FeCl3 pH 4
    }

MATfile={
%     'sph01_scan185_raw.mat';     % bar 2 SPM/KCl/FeCl3 pH 3.0
%     'sph02_scan224_raw.mat';     % bar 3  
%     'sph02_scan406_raw.mat';     % bar 3 KCl 100 mM, FeCl3 5 mM
%     'sph02_scan442_raw.mat';     % bar 2  KCl 100 mM, FeCl3 5 mM
%      'sph01_scan259_raw.mat';      % bar 3  SPM/KCl/FeCl3 pH 7.1
%      'sph01_scan329_raw.mat';      % bar ?  SPM/KCl/FeCl3 pH 4
%      'sph02_scan36_raw.mat';       % bar 3  SPM/KCl/FeCl3 pH 2
%      'sph02_scan101_raw.mat';      % bar 3  SPM/KCl/FeCl3 pH 5
%      'sph02_scan224_raw.mat';      % bar 3  SPM/KCl/FeCl3 pH 3
%        'sph01_scan119_raw.mat';    % bar 2  SPM/KCl pH 3
%        'sph01_scan74_raw.mat';    % bar 2  SPM/KCl  pH ~6
%         'sph01_scan185_raw.mat';    %  bar 2  SPM/KCl/FeCl3 pH 3
%         'sph02_scan144_raw.mat';    %  bar 2 SPM/KCl/FeCl3 pH 5
%         'sph01_scan301_raw.mat';    %  bar 2  SPM/KCl/FeCl3 pH 7.1
        'sph02_scan14_raw.mat';      %  bar 2  SPM/KCl/FeCl3 pH 4
    }

%%  To save the 2D data in a matrix in a MAT file and later to be reloaded
% use mcaread.m script version 1.0
% The 2D data 

close all
clc
CalibCoef=[0.0089,-0.0048];  % Channel->Energy calibration coefficients APS detector
for k=1:length(MCAfile)
    [mca,energy,qz,ct]=mcaread(MCAfile{k},CalibCoef);
    Mon_data=plcol(DataFile{k},MONScanNum{k},'i2');
    mon=Mon_data'; % Row vector (each row element corresponds to a Qz);
    imagesc(qz,energy(100:1000),mca(100:1000,:));
    set(gca,'ydir','norm');
    pause(5)
    save(MATfile{k},'mca','energy','qz','ct','mon');
end









